Der Name Cobra im Automobilbereich geht auf Caroll Shelby zurück, der anfangs der 60er Jahre aus dem britischen Roadster AC Ace in Kombination mit einem Ford V8 Motor die legendäre AC Cobra schuf. Danach wollte Shelby einen Big-Block Shelby Mustang, den GT500 herausbringen und experimentierte mit dem Einbau eines 427cui oder 428cui Ford Motors in den Mustang. Doch der genügend leistungsfähige 427cui Motor war einfach zu aufwendig und damit auch zu teuer für die Produktion und der weiter vorhandene 428cui FE Motor war zwar günstig aber zu träge. Gleichzeitig rüstete der grösste Ford Handler ‚Tasca‘ in Kalifornien Mustangs mit 427cui Motoren für Drag Racing Einsätze aus. Dieser kombinierte erstmalig den 428er Unterbau mit den Zylinderköpfen des 427er Motors. Diese Kombination führte dann zu den sogenannten Cobra-Jet Motoren. Als ersten Prototyp rüstete Shelby ein 67er Hardtop damit aus. Dieses Einzelstück mit dem Namen EXP500 bzw. wegen der auffälligen grünen Farbe auch als ‚Green Hornet‘ bezeichnet existiert heute noch. Zum Ende des Modelljahr 1968 stieg schlussendlich auch Ford ein und nahm die sogenannten 68 1/2 Cobra-Jet Mustangs als Serienfahrzeuge ins Programm aufnahm.
Die Cobra-Jet Option für den Mustang blieb auch für die Modelljahre 1969 und 1970 im Programm, neben der Cobra-Jet Option gab es auch noch die Super Cobra Jet Version (SCJ). Diese Fahrzeuge wurden zwar mit 325 PS typisiert (wegen den Versicherungsprämien) hatten aber effektiv rund 400 PS. Für das Modelljahr 1971 wurde der 428cui Motor auf 429cui vergrössert, auch diesen Motor gab es in der Ausführung Cobra-Jet. Ab dem Modelljahr 1972 entfiel der grosse 429cui Motor aus dem Mustang Programm, deshalb wurde nun der auf dem Cleveland Motor basierende 351cui Motor (es gab auch einen 351cui Windsor Motoren) als Cobra-Jet Motor verwendet, dasselbe gilt auch für die 1973 Modelle. Erst ab dem Jahr 2008 gab es dann ein Revival der Cobra-Jet Modelle, die dann jedoch ohne Strassenzulassung nur für das Drag Racing zugelassen waren. Mit dem Erscheinen des 1976 Cobra II Mustangs gab es neues Mustang Sondermodell ‚Cobra‘. Diese Cobra Modelle waren über dem Mach1 Modell angesiedelt. Das Cobra-Paket gab es für die letzten drei Mustang II Generationen und auch in den ersten drei Jahren der Foxbody Generation, also insgesamt von 1976 bis 1981. Das Cobra-Paket war bei diesen Mustangjahrgängen als reines Optik-Paket (abgesehen von den Spoilern) konzipiert und konnte auch für die kleinen Motoren bestellt werden. Auch das nur ein Jahr (1978) lieferbare Sondermodell King Cobra umfasste ‚nur‘ Optik Komponenten, war aber ein eigenständiges Modell, dass nur mit V8 Motor lieferbar bar.
Im letzten Jahr der Foxbody Generation (2003) erschienen zwei neue durch das Ford SVT (Special Vehicle Team) entwickelte limitierte Cobra Ausführungen, das einte Modell ‚Cobra‘ war mit allem Zubehör und einigen Optik Elemente ausgerüstet, während das andere Modell ‚Cobra R‘ konsequent auf den Rennsport ausgerichtet wurde und damit abgespeckt ist und über mehr Leistung verfügt. Mit der 1994 erfolgten Präsentation der SN-95 Mustang-Generation kam die Modellbezeichnung Cobra wieder ins Spiel, welche alle durch das Ford SVT entwickelt wurden. Bereits das als Pace Car präsentierte 1994 Convertible erhielt die Zusatzbezeichnung Cobra. Danach bleib die Cobra Ausführung oberhalb der GT- Ausführung angesiedelt im Programm (es waren quasi die Shelby-Modelle). Neben den optischen Anpassungen verfügten diese Cobra-Modelle auch immer über mehr oder wenige aufwendige technische Anpassungen. Das Topmodell umfasste sogar über eine Einzelradaufhängung und rund 400 PS, unterstützt durch eine Kompressoraufladung. Diese Cobra-Modelle waren von 1994 bis zum Ende der NewEdge Baureihe 2004 lieferbar.
Drei ganz besondere Cobra Modelle war die sogenannten R-Modelle, die das SVT Team 1993 (107 Stück), 1995 (250 Stück) und 2000 (250 Stück) lancierten, welche nur begrenzt strassenzugelassen sind. Für 2008, 2010 und als Facelift 2012/13/14 entstanden eine limitierte Menge von Drag Racing Ready Mustangs (ohne Strassenzulassung), welche über den neue Cobra-Jet Motor verfügten, welcher auf einen neuen Aluminium Windsor Motorblock aufbaut ist, welcher ‚gestroked‘ auf 427cui kommt. Diese Serie wird von Ford auch für die nächste Mustang-Generation fortgesetzt, so erschien letztlich der 2016 Cobra-Jet Mustang.